Ein Metabolit ist ein Inhaltsstoff einer Zelle. Diese chemische Verbindung ist ein Zwischenprodukt innerhalb eines Stoffwechselweges. Metaboliten erfüllen eine nützliche biologische Funktion in der Zelle. Häufig haben sie außerdem einen direkten Einfluss auf den entsprechenden Stoffwechselweg, sie wirken als Regulatoren.

Die Gesamtheit der Metaboliten wird als Metabolom bezeichnet. Der Stoffwechsel wird auch Metabolismus genannt.