Bei dieser Methode werden zunächst durch mutagene Chemikalien oder Strahlung zufällige Mutationen in das Genom von Keimlingen eingeführt. Die Pflanzen werden auf neue interessante Eigenschaften hin untersucht, wie zum Beispiel eine gute Toleranz gegenüber Trockenheit. Im Labor wird die DNA dieser Pflanzen sequenziert und mit der DNA des Wildtyps verglichen. An der Stelle, an der sich die Mutation befindet, liegt vermutlich auch das Gen für Trockenstressresistenz.

Der Nachteil dieser Methode ist, dass nicht immer alle genetischen Veränderungen phänotypisch sichtbar werden, weil manchmal intakte Gene die Funktion von defekten Genen übernehmen können (Redundanz).

Varianten: Forward Genetics