In der markergestützten Züchtung werden molekularbiologische Techniken wie PCR, Sequenzierung oder Inhaltsstoffbestimmung (Frag die Traube, Teil 2 – in Bearbeitung) eingesetzt, um Kreuzungsnachkommen auf ihre genetische Zusammensetzung hin zu untersuchen und mit den Ausgangspflanzen zu vergleichen. Durch die Erstellung eines solchen „genetischen Fingerabdrucks“ kann bereits bei Jungpflanzen festgestellt werden, welche für die Weiterzucht geeignet sind. Der Züchtungsaufwand verkürzt sich.
Smart Breeding ist eine „Verfeinerung“ der markergestützten Züchtung. Diese auch als Präzisionszucht bezeichnete Methode ermöglicht es, interessante Genvariationen aufzuspüren oder Wildpflanzen gezielter und effektiver als bislang für die Züchtung zu nutzen.
Während die Mutationszüchtung durch radioaktive Bestrahlung oder Chemikalien das Erbgut ungerichtet verändert und damit die Eigenschaftzusammensetzung von Pflanzen nur zufällig und ungezielt beeinflusst, erfolgt bei der Gentechnik die gezielte Einfügung eines Gens oder weniger Gene und damit neuer Eigenschaften. Diese Einfügung kann über Art grenzen (transgene Pflanze) hinweg, aber auch innerhalb einer Art (cisgene Pflanze) erfolgen.